Одељење за ученике са сложеним и вишеструким сметњама је почело са радом школске 2010./2011. У одељењу има шест ученика и све су девојчице, узраста од десет до петнаест година, са вишеструким сметњама у развоју. Са њима се ради по посебном плану и програм који је прилагођен деци са вишеструким сметњама. Девојчице су несамосталне и стално им је потребан надзор и помоћ другог лица. Са њима ради одељењски старешина, као и тим стручњака, логопед, дефектолог-реедукатор, професор физичке културе. Они са њима раде индивидуално. Рад у овом одељењу се одвија према распореду цасова. Часови се односе на предмете као сто су: упознавање природне и друствене средине, развој говора и језика, самопослуживање, радно васпитање, социјални развој, развој психомоторике, физичко и ликовно васпитање. Деци је прилагођен простор у школи, учионица је адаптирана према стандардима и њиховим потребама, а постоји и прилагођен тоалет за особе кориснике инвалидских колица.
Ритам дана се одвија према следецем распореду:
- окупљање деце од 8.00-8.30h
- доручак од 8.30.9.00h
- активности према распореду часова
- индивидуалне вежбе
- ручак око 12h
- одлазак кући у 12.20h
Ученици једном недељно иду на базен у пратњи разредног старешине, професора корективно-превентивних вежби и родитеља. Одлазак на базен пружа деци могућност за јачање свих мишићних група. Такође, доприноси формирању правилног држања тела. Утице на релаксацију и ублажавање напетости и стварање позитивног расположења код деце. Одлазак и боравак у топлој води посебно прија деци са аутизмом, јер им омогућава пуну слободу покрета, а игре у води не траже велико мишићно напрезање.
Са ученицима се спроводи индивидуално корективно терапијски рад, кроз психомоторне, логопедске и превентивно-корективне вежбе, са по два часа седмично (по ученику). Овим вежбама се доприноси очувању преосталих способности и даље подстиче развој навика самопомоћи и усмереног социјлног понашања.